リガンド結合部位予測やファーマコフォア予測は特許を取得した独自技術の強みがあるとともに、独自開発ソフトとオープンソースプログラムを利用した高度な自動化システムを構築しており、安価にサービスを提供できることが特徴です。

低料金ながら、成果報告書の品質は業界トップレベルであり、そのまま論文として投稿可能な水準のものを短期間で仕上げて提出しています。

分子機能研究所は研究代表として国の研究助成にも採択されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは採択研究と同レベルあるいはそれ以上のレベルの研究をサービスとして提供しています。

新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬研究では世界初の大規模バーチャルスクリーニングを実施し、SARS-CoV-2複製増殖抑制や感染予防に関する研究成果を国内外にいち早く発信し、世界的に注目されています。

東京大学医学部との共同研究ではドラッグライブラリ（10,409化合物）を用いたバーチャルスクリーニングで複数のドラッグリポジショニング候補化合物（EC50値：0.6nM～）を発見しています。

食品成分についても構造未決定の味覚受容体、膜貫通タンパク質（GPCR）、を標的としたバーチャルスクリーニングにより有効成分を発見することに成功しています。

がんを標的とした東京大学との研究ではやはりドラッグリポジショニングの観点に基づく嗅覚受容体（GPCR）に対するバーチャルスクリーニングを分子機能研究所が担当し、東京大学が細胞評価系を用いてヒット化合物中に複数の新規リガンド(作動薬や拮抗薬)の同定に成功しています。

バーチャルスクリーニングでの成果以外にも、分子ドッキングによる仮説の裏付けでも多数の学術論文実績があります。

ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング、タンパク質二次構造予測、立体構造予測、生体高分子立体構造精密化、核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング、複雑な生体高分子システムモデリング、分子動力学計算、分子シミュレーション、リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、相互作用部位予測、分子ドッキング、誘導適合効果(インデュースドフィット)を考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、タンパク質-リガンドドッキング、核酸-リガンドドッキング、タンパク質-タンパク質(ペプチド)ドッキング、化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築、インシリコスクリーニング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、構造ベースファーマコフォア予測、結合様式予測、生体分子及び低分子の量子化学計算、フラグメント分子軌道計算、全系量子化学計算、インターフラグメント相互作用解析、QM/MM計算、ONIOM計算、電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、リガンドベースファーマコフォア予測、ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベースバーチャルスクリーニング、類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索、活性化合物からの標的予測(逆引き予測)、定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析、分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化、遷移状態解析、NBO解析、反応座標解析、合成ルート検索、逆合成解析による合成ルートデザイン、ADMET予測、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析など、AI創薬も駆使して創薬化学研究の課題解決をトータルにサポートします。