リガンド結合部位予測やファーマコフォア予測は特許を取得した独自技術の強みがあるとともに、独自開発ソフトとオープンソースプログラムを利用した高度な自動化システムを構築しており、安価にサービスを提供できることが特徴です。

低料金ながら、成果報告書の品質は業界トップレベルであり、そのまま論文として投稿可能な水準のものを短期間で仕上げて提出しています。

分子機能研究所は研究代表として国の研究助成にも採択されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは採択研究と同レベルあるいはそれ以上のレベルの研究をサービスとして提供しています。

新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬研究では世界初の大規模インシリコスクリーニングを実施し、SARS-CoV-2複製増殖抑制や感染予防に関する研究成果を国内外にいち早く発信し、世界的に注目されています。

東京大学医学部との共同研究ではドラッグライブラリ（10,409化合物）を用いたバーチャルスクリーニングで複数のドラッグリポジショニング候補化合物（EC50値：0.6nM～）を発見しています。

食品成分についても構造未決定の膜貫通タンパク質を標的としたバーチャルスクリーニングにより有効成分を発見することに成功しています。